| ホンマゴケ目の科（属と種の数） | 生育地 | 主な特徴 |
| １ ハリガネゴケ科 (９属59種) | 全国各地、土上や岩上 | 葉は乾くと茎をまくようにややねじれ、さくは下方に傾いたり垂れ下がることが多い |
| ２ チョウチンゴケ科 (７属32種) | 全国各地、湿った土上、岩上や腐木上 | 卵形〜長楕円形の大きな葉を広げていることが多い。さくは提灯をぶら下げたようにつく |
| ３ ヒモゴケ科 (１属３種) | 中部以北の高山で湿った土上に生育することが多い【やや稀】 | 葉身細胞は方形〜六角形で、中央に１個の乳頭がでる |
| ４ ホゴケ科 (１属２種) | 中部以西の暖地、湿った岩上、土上や腐木上 | 茎がはい、茎の左右にでる側葉と背面にでる背葉がある |
| ５ ヒノキゴケ科 (１属２種) | 本州以南、林床や樹幹基部に固まりをなして群生 | 数センチの高さになる美蘚の一つで、多くの細長い葉は乾くと房状になる |
| ６ キダチゴケ科 (１属１種) | 沖縄のみに知られる、湿った岩上【極稀】 | 大型で、茎は立ち上がり、樹状に枝をだす |
| ７ ヌマチゴケ科 (１属１種) | 北海道、高層湿原などの湿地【極稀】 | 葉が強く反り返る |
| ８ クサスギゴケ科 (１属１種) | 中部以北の冷涼な石灰岩地で、岩棚の下などの湿土上【極稀】 | 葉が開くとスギゴケの仲間に似る。葉身細胞は腹面側で盛り上がる |
| ９ タマゴケ科 (６属17種) | 全国各地、岩上や土上 | 球形のさくをつける、葉身細胞が乳頭を持つことが多い |